Además de los operativos implementados por las autoridades, los migrantes que cruzan la frontera sur de México se enfrentan a grupos criminales, que los secuestran para pedir rescate o los enrolan en sus filas; de oponerse, pueden ser ejecutados.

De acuerdo con un informe de la Unidad de Investigación de Delitos para Personas Migrantes, de la Procuraduría General de la República (PGR), existen dos rutas principales para el tránsito por territorio mexicano: la del Golfo de México, que atraviesa Tabasco, Veracruz y Tamaulipas, y la del centro-oeste, que pasa por Chiapas, Oaxaca, Puebla, estado de México, Jalisco y Sonora.

En ambas, los grupos criminales interceptan a migrantes. De acuerdo con organizaciones defensoras de los derechos de ese sector de la población, los criminales llegan a pedir cuotas para dejarlos transitar, pero si son secuestrados, el rescate exigido puede llegar a 5 mil dólares.

El reporte de dicha unidad de la PGR menciona que las entidades con más agresiones a migrantes (robo, golpes, amenazas y secuestro) son Chiapas, Veracruz, Tamaulipas y estado de México.

Sin embargo, entre marzo de 2016 y abril de 2017 esa instancia sólo inició 128 averiguaciones previas, 79 fueron por privación ilegal de la libertad, así como 135 carpetas de investigación, de las que 59 fueron por el delito de privación ilegal de la libertad y 22 por tráfico de personas.

La mayor incidencia delictiva ocurrió en Tabasco, Tamaulipas, Ciudad de México y Chiapas; el 89 por ciento de las víctimas eran hombres y 11 por ciento mujeres.

Las víctimas provienen de 21 países; sin embargo, 27 por ciento eran de Honduras, 17 por ciento de Guatemala y 13 por ciento de El Salvador.

Dentro de los expedientes que obran en dicha unidad, en 211 casos se iniciaron indagatorias por desaparición, 174 hombres y 37 mujeres, pero sus familiares ya no supieron de ellos.

En agosto de 2015 la PGR dio a conocer los resultados de un operativo llamado Plan Regional Lucero, implementado por México, El Salvador, Guatemala y Estados Unidos para atacar organizaciones trasnacionales dedicadas al tráfico de personas.

Derivado de las investigaciones en territorio mexicano, se obtuvo información de que para el traslado de migrantes utilizaban otras rutas, como la marítima, para llevarlos hasta la frontera con Estados Unidos.

Al arribar a Salina Cruz, Oaxaca, por vía marítima, los grupos delincuenciales llevaban a los migrantes por tierra. En el operativo Lucero participaron la Armada de México y el Instituto Nacional de Migración.