Saltillo ha sido un centro estudiantil por excelencia. Esa tradición nació de las tres grandes instituciones educativas fundadas en la segunda mitad del siglo 19: el Ateneo Fuente abrió sus puertas en 1867, el Colegio de San Juan en 1878, y en 1894 la Benemérita Escuela Normal del Estado.

En octubre de 1878, los padres jesuitas recibieron a sus primeros alumnos en el Colegio de San Juan: 47 niños y jóvenes, unos saltillenses y otros provenientes de diversas ciudades del estado y de otras entidades como Chihuahua, Sinaloa, Sonora, Durango, Nuevo León, Tamaulipas, Zacatecas y San Luis Potosí. El edificio para el Colegio se había construido en una finca al sur de Saltillo, en una gran extensión de terreno que iba de la calle Escobedo, antes llamada del Colegio, y se extendía hasta mucho más allá de lo que fue el callejón de La Rana, hoy Praxedis de la Peña. A casi 150 años, la propiedad se redujo y el edificio se encuentra en la manzana flanqueada de norte a sur por las calles mencionadas y de oriente a poniente por la de Hidalgo y la de Allende, y es la sede del extraordinario Museo de las Aves.

Sus instalaciones iniciales, muy modestas, eran casi precarias, pero suficientes para educar a los estudiantes que las familias ponían en manos de los padres jesuitas. A 20 años de fundado, el Colegio contaba con una infraestructura de servicios muy completa y al mismo tiempo muy austera. Para la enseñanza de los alumnos tenía, además de las aulas necesarias, una sala de música, biblioteca, varios laboratorios y un salón de actos; para la atención espiritual se instaló una hermosa capilla, actualmente el auditorio del Museo, y para las necesidades terrenales contaba con dormitorios, enfermería, cocina, comedor, panadería, una huerta, un establo y su propio rastro; había también planta de luz, imprenta, carpintería, taller de reparación de calzado, sastrería y un observatorio astronómico que en su tiempo llegó a ser el primero del norte del País y alcanzó fama nacional por su exactitud científica. La educación física se realizaba en un extenso campo deportivo en canchas acondicionadas para varias disciplinas, además de una alberca y jardines. También tenía su panteón particular.

La iglesia de San Juan Nepomuceno, separada actualmente del edificio del Colegio por el estacionamiento del Museo de las Aves, fue construida también por los jesuitas. En los muros del templo, el padre Carrasco, profesor del colegio, pintó las gigantescas obras que retratan diferentes escenas religiosas. Esta iglesia ha dado servicio a la comunidad católica saltillense desde su construcción.

Treinta y seis años sirvió a la población de Saltillo el Colegio de San Juan, tiempo en el que atendió a más de 2 mil estudiantes en sus aulas por las que pasaron ilustres saltillenses como Vito Alessio Robles, Dámaso Rodríguez y los hermanos Miguel y José García de Letona.

A decir de José Roberto Mendirichaga, investigador y maestro de la Universidad de Monterrey, quien dedicó muchos años al tema del Colegio de San Juan, éste fue “la contraparte del Ateneo Fuente”, la balanza del equilibrio en la educación saltillense del siglo 19. El Colegio, no obstante la rigurosa formación científica de sus alumnos, era de credo religioso y católico, mientras el Ateneo era laico y liberal.

En 1914, Pancho Villa derrotó a las tropas huertistas y tomó la ciudad. Apresó a los padres jesuitas que aún permanecían en el Colegio de San Juan y acuarteló a sus tropas en las instalaciones. La tropa destruyó todo lo que pudo. Sacaban colchones, muebles y otras cosas por las ventanas de la capilla del Colegio para venderlas. La biblioteca fue encontrada hasta mucho después: conocedores de su valor educativo, los padres la habían emparedado, levantando un muro para esconder el cuarto en el que se encontraba, simulando que ahí terminaba la construcción.