Después de su decreto como Área Protegida, en 1998 se dio la primera observación directa de Oso Negro, ursus americanus, por unos visitantes que lo pudieron observar por algunos minutos sobre el camino, a unos kilómetros de Saltillo.

A partir de este avistamiento, Profauna se ocupó del estudio de esta especie, tratando de determinar la presencia de más ejemplares, usando métodos para determinar su presencia, como trampas de pelo, y la georreferenciación de huellas y excretas.

La información ha sido complementada con estudios sobre su alimentación y recolección de muestras genéticas, incluso en el 2005 se dona un ejemplar de cachorro de la especie, a la Colección Nacional de Mamíferos de la Universidad Autónoma de México.

Se ha determinado que los osos residentes en temporada invernal se refugian en Cañón de San Lorenzo.

A partir del 2011, las observaciones de Oso Negro en la Sierra de Zapalinamé ha ido en aumento, este fenómeno ha sido generado principalmente por un incremento en los incendios en serranías cercanas del Estado y en Nuevo León, en los últimos años son comunes los avistamientos hasta de ocho ejemplares juntos.

Es a partir de esto que se generan los primeros conflictos de la especie con el humano, al presentarse ataques sobre ganado menor, especialmente caprinos y ovinos.