Los puertos de Ciudad de Carmen, Ensenada, La Paz, Manzanillo, Mazatlán y Lázaro Cárdenas son utilizados por los cárteles de Sinaloa y el de Jalisco Nueva Generación, que disputan las entradas marítimas elevando "los índices de violencia por controlar las rutas de logística criminal".

El gobierno federal y la Auditoría Superior de la Federación detectaron diversas irregularidades en los puertos del país, que van desde la entrega de las terminales marítimas a los cárteles de la droga, hasta la pérdida de millones de pesos por actos de corrupción en la gestión de trámites. Lo anterior se originó en las últimas dos décadas cuando la Secretaría de Comunicación y Transportes era la rectora de las operaciones de los 117 puertos y terminales nacionales.

De acuerdo con documentos de inteligencia federal se identificó a los seis puertos con más operaciones de grupos del narcotráfico y el diagnóstico es que en la gestión de la SCT en los puertos, las bandas criminales promovieron "la corrupción con funcionarios y autoridades para involucrarlos en sus operaciones y extraer o cargar drogas".

Puertos como Manzanillo y Lázaro Cárdenas se convirtieron en puntos estratégicos de los cárteles hasta donde "llegaban embarcaciones procedentes de países de Sudamérica, pero con banderas de otras naciones, las cuales transportaban la droga de diferentes métodos: ocultándola en los barcos, atando sumergibles pequeños a modo de torpedos, o incluso pegan a sus cascos contenedores".

Otra de las irregularidades detectadas fue el trasiego de combustible de manera irregular en las terminales de usos múltiples ubicadas en el Golfo de México, con la anuencia de autoridades de la SCT y de Petróleos Mexicanos.

Sobre las anteriores autoridades portuarias también pesa la falta de transparencia en la concesión y manejo de la seguridad privada de los puertos y terminales marítimas; en la adjudicación directa de los contratos de cesión parcial de derechos y evasión fiscal.

Respecto a las escuelas náuticas, también operadas por la SCT, carecen de la infraestructura para cumplir con la capacitación de calidad de los alumnos, toda vez que "no cuentan con un buque escuela (como lo marca la ley), no hay fuentes de trabajo para los egresados, apenas el 1 por ciento de los oficiales egresados pueden hacer prácticas a bordo de embarcaciones, tampoco cuentan con albercas, laboratorios y alojamientos adecuados".

La situación se agrava cuando "el personal náutico mercante debe tramitar sus certificaciones con autoridades marítimas del extranjero".

"En cuanto al dragado, en los puertos de mayor tráfico de embarcaciones mayores, esta actividad ha sido susceptible a "procesos poco transparentes", otorgando permisos a embarcaciones extranjeras mediante concesiones adjudicadas a contratistas, quienes a su vez subarriendan la obra por falta de capacidades técnicas, encareciendo los servicios y retrasando la ejecución.