A pesar de que en su momento "Atlantis: The Lost Empire" no fuera un éxito, y Disney la metiera en la categoría de "fracasos", veinte años después de su estreno se convierte en una película de culto por su mezcla de filosofía, mitología, ciencia-ficción, acción y aventuras.

Estrenada en 2001, esta cinta fue una de las películas que ayudó a iniciar una nueva etapa en la animación de Disney, conocida como la era post-renacentista, que abarcó de 1999 a 2008 y que fue un periodo de proyectos con menos éxito del esperado.

Los animadores de la compañía querían distanciarse del formato musical de Broadway, que marcó el estilo de las películas de la década de 1990.

"Atlantis" comenzó a prepararse tras "The Hunchback of Notre Dame" (1996). Los directores Kirk Wise y Gary Trousdale querían hacer algo completamente diferente: una aventura a la antigua inspirada en las clásicas películas de acción y en las historias de Julio Verne, como "20,000 leguas en viaje submarino", en la que hubiera mucha documentación e investigación.

De esta manera, "Atlantis" fue la primera película animada de Disney que dejó de lado las canciones para contar una historia más profunda, basada en la filosofía y la mitología, y con más acción. De hecho, según declaró el propio Trousdale al presentar la cinta, mandó hacer camisetas para su equipo en las que se podía leer "más explosiones y menos canciones".

Uno de los elementos que marcaron la diferencia entre "Atlantis: The Lost Empire" y las películas anteriores fue su estilo único. El diseño de los personajes, el submarino o los vehículos voladores tienen el sello personal del creador de cómics Mike Mignola ("Hellboy").

"El trabajo fue genial, está entre mis 3 o 4 experiencias surrealistas el haber trabajado con Disney. En los últimos años, mucha gente se me acercó y me dijo: '¿Trabajaste en Atlantis?' Parece que tiene una segunda vida ", recuerda Mignola en un libro (perteneciente a los Archivos Disney) que recopila sus bocetos y notas sobre la película.

Ambientada en 1914, "Atlantis" cuenta la historia de un joven lingüista y cartógrafo, Milo Thatch, que descubre un libro sagrado, "El Diario del Pastor" (un manuscrito antiguo que contiene las direcciones hacia The Lost Empire), que le llevará a la ciudad perdida de Atlantis que siglos atrás fue consumida por un gigante tsunami. 

Para esta arriesgada expedición, se une a la tripulación de un impresionante submarino, y juntos encuentran a una civilización muy avanzada viviendo en las profundidades del océano.

Los directores de la cinta querían que todo fuera real y verosímil, de ahí que encargaran al lingüista Marc Okrand (creador también del idioma Klingon de "Star Trek") que desarrollara la lengua atlante que aparece tanto en los textos del Diario del Pastor como en la ciudad de Atlantis. 

El curioso idioma se lee así: primero de izquierda a derecha, luego bajas a la siguiente línea, y lees de derecha a izquierda. Okrand lo creó así para imitar de alguna manera el movimiento del agua.

A pesar de ser el primer filme animado de ciencia ficción, de arriesgarse con una historia mitológica, de apostar por un diseño diferente y de tener miles de curiosidades ocultas (última película en la que sale un personaje fumando, el protagonista no tiene las características de héroe clásico, hay muchas muertes, etc...) no fue un éxito de taquilla.

La película, muy infantil para los adultos y muy madura para niños, tuvo un rendimiento moderado en la taquilla. Presupuestada entre 90 y 120 millones de dólares, recaudó 186 millones en todo el mundo, y de esa suma, 84 millones se obtuvieron en Norteamérica (según datos de la web especializada Box Office Mojo).

Debido a su recaudación mediocre, Disney no solo la consideró como una "película fracaso", sino que decidió cancelar una serie de televisión -que ya estaba avanzada y cuyos capítulos dieron vida a una mala secuela, "El regreso de Milo" (2003), que se estrenó directamente en DVD- y una atracción acuática en el parque temático Disneyland de California (EU).

Sin embargo, 20 años después de su estreno "Atlantis: The Lost Empire" comenzó a ser valorada y considerada como de culto. Y hasta se barajó en varias ocasiones realizar una versión con actores de carne y hueso, una idea que aún no ha fructificado.