Una investigación cartográfica sobre la ruta que seguirá el Tren Maya, realizada por el grupo de geógrafos Geocomunes y el Consejo Civil Mexicano para la Silvicultura Sostenible, reveló que 330 kilómetros (34% de los casi mil donde no hay todavía rieles construidos) no cuentan con derecho de vía. En consecuencia, para colocar vías de tren en esas zonas se tendrá que indemnizar y expropiar a los dueños. 

Los caminos y la infraestructura para el Tren Maya, de acuerdo con los contratos que está licitando Fonatur, requerirán de 40 metros de ancho. Con este dato, se calcula que harán falta mil 316 hectáreas —el doble del Bosque de Chapultepec— para que la administración federal obtenga ese derecho de vía y pueda construir los rieles. De éstas, 943 son de propiedad ejidal, lo que afecta a 40 ejidos de Yucatán, Quintana Roo y Campeche. Si no se llega a un acuerdo con los dueños, la ley permite al Estado expropiar. 

Sin embargo, el presidente Andrés Manuel López Obrador ha dicho que no se expropiarán tierras para el Tren Maya, aseveración contraria a la que ha emitido el director de Fonatur, Rogelio Jiménez Pons, quien calcula que serán necesarios 2 mil millones de pesos para este pago de derecho de vía.

No existe información oficial al respecto y las cifras que han dado diferentes funcionarios de alto nivel no coinciden entre sí.