Pesquisas entre dependencias de inteligencia federal como la Secretaría de la Defensa Nacional y la Policía Federal, así como la colaboración del gobierno de Estados Unidos, han apuntado hacia una supuesta complicidad entre Jueces Federales y jefes del Cártel Jalisco Nueva Generación.

En estados como Jalisco, Guerrero, Veracruz y Colima se tiene registro de detenciones y liberaciones de operadores financieros y jefes de la organización criminal.

De acuerdo a La Jornada, “Congresistas y miembros del Poder Judicial de la Federación (PJF) tienen conocimiento de las indagatorias. Personal adscrito a la Fiscalía General de la República (FGR) dirige la operación en la que se revisa con lupa el desempeño de jueces y magistrados de los estados mencionados y que han servido de bisagras para que las puertas de la justicia se vuelvan giratorias, de tal manera que así como los inculpados entran, salen poco después, de acuerdo con fuentes del gabinete de seguridad”.

Una de las principales investigaciones apunta al magistrado Isidro Avelar Gutiérrez, quien habría adquirido bienes por más de 18 millones de pesos en seis años (entre el año 2010 y 2016).; el magistrado ordenó la liberación de Francisco Aguilar Santana, mejor conocido como "Juan Pistolas", una de las personas más cercanas al líder del Cártel Jalisco Nueva Generación: Nemesio Oseguera Cervantes.

Según una investigación, el mismo magistrado estuvo al frente del sexto tribunal unitario del tercer circuito con sede en Jalisco y atendió la menos 10 casos de detenidos vinculados al Cártel, dando como resultado un resultado a favor de los detenidos.

El caso de “Juan Pistolas” no habría contado con elementos suficientes para su liberación siendo éstos insostenibles, después de haber sido detenido en posesión de 12 armas cortas y 15 largas, dos lanzagranadas, cuatro equipos de defensa antiaérea y droga.